Cristian Baroni foi campeão da Copa do Brasil em 2005 pelo Paulista de Jundiaí. No ano de 2006 foi contratado pelo Atlético Paranaense por uma temporada. Em 2007 foi para o Flamengo e teve uma boa participação na ascensão do time no Campeonato Brasileiro daquele ano, que saiu da zona de rebaixamento e se classificou para a Libertadores da América.

Em 2008 continuava fazendo parte do grupo flamenguista, mas esteve na reserva durante muitas partidas. No final de 2008 foi para o Corinthians e jogou algumas partidas na Série B do Campeonato Brasileiro. No Paulista de 2009, Cristian fez o gol que deu a vitória ao Corinthians na primeira partida da semi-final contra o São Paulo faltando 23 segundos para acabar a partida no Pacaembu.Cristian ao marcar o gol da virada numa partida contra o São Paulo, fez gestos obcenos a torcida delas e acabou ainda sendo salvo por Ronaldo, que marcou o gol tirando sarro e salvando a pátria de Cristian.

Alguns meses depois foi campeão da Copa do Brasil de 2009.Atuando ainda pelo Corinthians ele marcou um gol vibrante, no ultimo minuto, de fora da área, e com um chute muito potente, que foi capaz de Levantar o Pacaembu com as comemorações dos torcedores Corintianos.
No dia 20 de julho de 2009, o Fenerbahçe anunciou a contratação do jogador, por 7 milhões de dólares.