Fábio Ferreira começou a sua carreira nas categorias de base do Corinthians. O zagueiro atuou apenas uma vez pelo Corinthians em 2004, na última rodada contra o Juventude.

Em 2005 e 2006, com um elenco inchado de jogadores de peso, o jovem jogador foi tranferido para o Noroeste. Depois foi novamente transferido, desta vez ao Sul do Brasil, para o time do Juventude, para a disputa do Campeonato Brasileiro de 2006, um fato curioso ocorreu por lá, os vizinhos reclamavam das constantes festas realizadas no apartamento do atléta e deciriram colocar uma faixa escrito Por Favor sem Barulho.Após faltar a 2 treinos foi dispensado. Em 2007, voltou ao Noroeste para jogar novamente o Campeonato Paulista.

Por indicação do técnico Paulo César Carpeggiani, voltou ao Corinthians para jogar o Campeonato Brasileiro de 2007. Todavia, teve sua trajetória marcada pelo rebaixamento do clube à Segunda Divisão, a qual disputou pelo clube em 2008, fazendo parte do elenco que garantiu o retorno à Série A.

Em 22 de dezembro de 2008, o Grêmio anunciou o acerto com o jogador. Todavia, pouco jogou, fez sua estreia no tricolor apenas em 2 de abril de 2009, contra o Caxias em partida válida pelo Campeonato Gaúcho, o jogo terminou em 4 a 0 para o Caxias. No dia 26 de junho de 2009, o treinador Paulo Autuori anunciou a dispensa do zagueiro.

Em julho de 2009, acertou com o Vitória para o restante da temporada. Depois de um começo cheio de erros e insegurança, Fábio Ferreira conseguiu recuperar-se, tornando-se um dos atletas mais regulares do elenco rubro-negro no segundo turno do Brasileirão 2009, ganhando a vaga de titular. Ao fim da temporada, deixou o clube baiano, apesar do interesse da diretoria em renovar seu contrato.

Em 2010, acertou com o Botafogo até maio de 2011. Aos poucos, foi ganhando a condição de titular. Ajudou na recuperação da equipe no primeiro turno do estadual, fazendo, inclusive, o gol do título de campeão da Taça Guanabara.