André Clarindo dos Santos começou sua carreira no Figueirense, de 2002 a 2004, quando conquistou o Campeonato Catarinense. Em 2003, foi emprestado ao Rio Claro.

Passou pelo Flamengo, em 2005 e 2006, quando conquistou a Copa do Brasil.

Em 2006, André Santos defendeu o Atlético Mineiro, quando foi campeão do Campeonato Brasileiro - Série B, ajudando a levar o 'Galo Mineiro' de volta à elite do futebol nacional.

Em 2007, voltou ao Figueirense, onde se destacou atuando na lateral-esquerda, disputando a final da Copa do Brasil, ficando com o Vice-Campeonato, perdendo a final para o Fluminense.
Corinthians

Em 2008, foi contratado pelo Corinthians, que havia caído para a Série B do Campeonato Brasileiro e tinha como principal objetivo na temporada, evidentemente, o retorno à Série A. André Santos chegou ao Parque São Jorge visto como apenas mais um reforço para compor o elenco. Mas, 2008 foi o ano em que o futebol de André Santos explodiu. O lateral-esquerdo chegou com o Timão na final da Copa do Brasil, sagrando-se Vice-Campeão novamente, nesta oportunidade o Corinthians perdeu o título para o Sport Recife. Como o objetivo principal do time era o retorno à Série A, o Timão seguiu forte rumo ao seu objetivo e novamente André Santos ajudou um time ao seu retorno à elite do futebol nacional.
2009, seu melhor ano

O ano de 2009 foi para André Santos, sem dúvida, o seu melhor ano. O lateral conquistou incríveis quatro títulos, sendo dois pelo Corinthians, um pela Seleção Brasileira (tendo sido convocado pela primeira vez exatamente em 2009), e ainda, um pelo Fenerbahçe. Em 2009, André marcou nas duas decisões em que o Corinthians participou, a primeira no segundo jogo da final do Campeonato Paulista em um chute forte e rasteiro no canto direito do goleiro Fábio Costa no empate em 1 x 1 no Estádio do Pacaembu (o Corinthians foi o campeão devido o primeiro jogo 3 x 1 no Santos). André voltou a marcar na final da Copa do Brasil, contra o Internacional. Em um chute forte no ângulo direito do goleiro Lauro, no empate em 2 x 2 que decretou o título Corintiano daquele ano.

O ano de 2009 se iniciou com sonhos para o Corinthians e para André Santos. O Corinthians tinha o sonho de disputar a Copa Libertadores da América no próximo ano, o ano de seu centenário. Para André Santos, títulos podem ser sinônimos de Seleção Brasileira. E não deu outra, o Timão foi Campeão Paulista de forma invicta, e conquistou a tão sonhada vaga na disputa do principal torneio continental, sagrando-se Campeão da Copa do Brasil, em disputa na final com o Internacional, de Porto Alegre. Em 2009, depois de vencer o Campeonato Paulista de 2009 e a Copa das Confederações de 2009, André Santos disse que gostaria de jogar na Europa, segundo o jornal, Corriere dello Sport, o clube italiano Roma estaria interessada em contratar o lateral-esquerdo por 5 milhões de euros (13,7 milhões de reais) ou 6 milhões de euros (16,4 milhões de reais), além da Juventus.
Fenerbahçe

No dia 20 de julho de 2009, o Fenerbahçe anunciou a contratação do jogador por 6 milhões de euros

No Fenerbahçe chegou a tempo de ajudar o time a conquistar a Supercopa da Turquia em 2009.

Mas foi no clube turco que André teve uma mancha na sua carreira. Em dezembro de 2009, foi acusado de participar de orgia sexual em Istambul. Segundo depoimentos de funcionários de um hotel da cidade, André ao lado de Fábio Bilica e Wederson, também brasileiros, e do inglês naturalizado turco Kazim Richards frequentavam o estabelecimento para praticarem tais atos.
Arsenal

Em agosto de 2011, André Santos foi contratado pelo Arsenal por 6,2 milhões de libras (R$ 16,3 milhões), o jogador recebeu o número 11. 'Estou feliz por acertar com o Arsenal. Um dos meus maiores sonhos era jogar por um grande campeonato da Europa e eu consegui isso. Todos brasileiros que jogaram aqui falaram maravilhas e eu estou encantado por fazer parte da família Arsenal.' O treinador da equipe londrina falou do jogador: ' (André) Santos é um jogador de qualidade, com habilidade para defender bem e ajudar no ataque. Tem experiência na Liga dos Campeões e com o Brasil e provou que pode jogar em alto nível. Damos as boas vindas a Santos e esperamos que ele tenha um grande impacto para o clube.'

O jogador estreiou no Arsenal com uma derrota de 4 a 3 para o Blackburn.