Começou sua carreira nas divisões de base do Vitória e em 2002 foi promovido ao time profissional. Em sua passagem pelo Vitória, esteve durante a maior parte do tempo no banco de reservas, se tornando titular apenas nos últimos anos que permaneceu no clube.

Conquistou o Campeonato Baiano em 2002, 2003, 2004 e 2005. Também conquistou a Copa do Nordeste em 2003.

Acabou saindo do clube graças a liminar obtida na Justiça do Trabalho por seu advogado Marcelo Robalinho, no primeiro caso de rescisao de contrato de trabalho por racismo no futebol brasileiro, apos uma discussão com o então dirigente Paulo Carneiro, que viria a ser demitido algum tempo depois. Felipe acusou Carneiro de tê-lo insultado com declarações racistas. Após o caso, o goleiro moveu um processo contra o dirigente.

Em 2006, foi contratado pelo Bragantino, porém, disputou a Série B do Brasileirão defendendo a Portuguesa, tendo sofrido uma contusão no meio da competição e retornando à equipe de Bragança no fim da temporada.

Em 2007, disputou o Paulistão pelo Bragantino, chegando com a equipe de Bragança Paulista às semifinais.

Ainda em 2007, foi contratado para defender o Corinthians. Foi titular na maioria das partidas, embora não tenha evitado o rebaixamento para a Série B. Mesmo com o rebaixamento, foi indicado ao Prêmio Craque do Brasileirão em três categorias: craque da torcida, melhor goleiro e revelação do campeonato.

Em 2008, foi um dos destaques na campanha do vice-campeonato da Copa do Brasil e no título da Série B. Já em 2009, conquistou dois títulos importantíssimos com o Corinthians: o Campeonato Paulista de maneira invicta e a Copa do Brasil, sendo que nesta competição nacional, não tomou nenhum gol jogando em 'casa'. Contara com o Corinthians, para a Libertadores 2010. No final de 2009, ao enfrentar o Flamengo na penúltima rodada do Brasileirão, declarou que apesar de ter sido rubro-negro na infância, desejaria se vingar pela derrota sofrida em 2007, que levou o Corinthians ao rebaixamento.

Em 2010, na parada para a Copa do Mundo, Felipe pediu para ser colocado à venda. Isso causou sério desconforto no clube e um desentendimento entre Felipe e o presidente Andrés Sanches.[4] O time do Genoa, da Itália, demonstrou interesse em Felipe,[5] e de última hora, para a surpresa de todos, a negociação foi cancelada[6] e Felipe permaneceu no Corinthians. Como havia um desentendimento entre Felipe e o clube, Felipe foi retirado dos planos do técnico Mano Menezes e treinava afastado do restante do time. Assim, passou a aguardar uma proposta de outro clube para voltar a jogar.

Em 5 de agosto de 2010, Felipe teve seu contrato com o Corinthians rescindido, e se transferiu para o Braga, de Portugal.

Após a curta passagem pelo Braga, onde foi titular mas acabou não agradando, acertou a sua volta ao Brasil em 17 de dezembro de 2010, para jogar pelo Flamengo.[10] O contrato acertado foi de um ano. O Flamengo possui a opção de compra dos direitos federativos de Felipe tanto no meio quanto no fim de 2011 (ele pertence a um grupo de empresários e ao Braga-POR). Há também uma cláusula que prevê rescisão de contrato em caso de problemas disciplinares. Uma exigência da presidente Patrícia Amorim a partir do caso do goleiro Bruno. A contratação foi uma aposta do técnico Vanderlei Luxemburgo. Sua estréia foi no dia 9 de Janeiro de 2011 em um amistoso contra o Londrina em que terminou empatado em 0 a 0 e ele agarrou um pênalti.