Paulo André começou sua carreira de futebolista profissional no Águas de Lindoia, de São Paulo, em 2002. Anteriormente, já havia jogado nas categorias de base do São Paulo e do CSA. No ano de 2003, o zagueiro transferiu-se para o Guarani.

No início de 2005, Paulo André foi para o Atlético-PR. Nesse clube, era titular, ao lado de Danilo, além de capitão e vice-artilheiro do time na temporada. Após negociações do Atlético com o presidente do Le Mans, Henri Legarda, o zagueiro foi vendido ao time francês, em junho de 2006. O contrato firmado foi de quatro anos e meio.

Em 31 de julho de 2009, Paulo André foi apresentado como nova contratação do Corinthians, com contrato de empréstimo até agosto de 2010. Mesmo não sendo considerado titular, devido as lesões de William e Chicão, Paulo André passou a jogar muitas partidas, mais até do que os 'titulares'.

Com a aposentadoria de William, se torna titular provisório do Corinthians. Embora não tenha sido titular efetivo nas temporadas de 2009 e 2010, vem sendo muito elogiado e defendido pela diretoria do Timão e pela Fiel Torcida e considerado, até agora, o melhor substituto para William, embora tenha que disputar na temporada de 2011 a titularidade com Leandro Castán e Wallace. Paulo André tem contrato com o Corinthians até 31 de julho de 2012.