Edu Gaspar foi formado pelas categorias de base do Corinthians onde permaneceu três temporadas, ganhando os títulos do Campeonato Brasileiro de 1998 e 1999, o Campeonato Paulista de 1999 e Campeonato Mundial de Clubes FIFA 2000.

Depois desse período, foi vendido para o Arsenal por 9 milhões de euros. Lá, teve problemas com sua documentação referente a aquisição da cidadania portuguesa, por linha familiar. Em cinco temporadas no clube inglês, conquistou o Premier League de 2001/2002 e 2003/2004, a FA Cup de 2001/2002, 2002/2003 e 2004/2005 e a Community Shield de 2003 e 2004.

Após o final do seu contrato com o Arsenal, decidiu por não renovar e, após descartar propostas do Real Madrid e do Barcelona, acabou acertando com o Valencia. No clube espanhol, sofreu uma série de contusões, fato que o atrapalhou na missão de se firmar como titular na equipe, o que nunca aconteceu.

Depois de pouco utilizado no Valência e de ser dispensado, em 6 de julho de 2009, Edu acerta sua volta ao Corinthians, clube que o revelou. Se apresentou como reforço um dia depois, 7 de julho de 2009. Entretanto, ao contrário de sua primeira passagem pelo clube, desta vez foi pouquíssimo aproveitado no time titular e não agradou, sendo dispensado apenas um ano e meio depois e somando apenas onze partidas pelo Brasileirão.

Em março de 2011, decidiu encerrar sua carreira de jogador e foi anunciado como novo gerente de futebol do clube onde iniciou e terminou sua carreira, o Corinthians.