Se a programação for feita diretamente no código fonte não deixará vestígios, já que só quem é lá de dentro tem acesso a esse código e essa alteração não deixará logs.

Outra coisa, não existe sistema perfeito, isso é o básico do básico para quem trabalha com tecnologia.

Não é atoa que os bancos gastam Fortunas todos os anos com segurança da informação.

Para finalizar, até o sistema da Nasa foi invadido e alterado, quem dirá uma urna e um sistema que foram criados em uma época onde a tecnologia da informação era muito precária.