Fabinho iniciou a sua carreira profissional em 2000 no São Caetano e em 2001 passou pelo Corinthians. No final de 2004 foi para o Japão para jogar no Cerezo Osaka. Em 2006 é anunciado para jogar no Santos. Transferiu-se para o Toulouse.

Em uma negociação envolvendo o lateral do Corinthians Eduardo Ratinho, acertou a sua volta ao clube paulista.

Conquistou em 2002 o Torneio Rio-São Paulo e a Copa do Brasil de 2002, o Campeonato Paulista de 2003 pelo Corinthians e o Campeonato Paulista de 2006 pelo Santos.

Chegou, junto com o Timão, na final da Copa do Brasil de 2008 e ficou com o vice-campeonato. Em 8 de novembro de 2008, conquistou o Campeonato Brasileiro - Série B pelo Corinthians e em 15 de maio de 2009 rescindiu seu contrato com a equipe.

Ainda em 2009, foi contratado pelo Cruzeiro Esporte Clube, por recomendação de Adílson Batista, fazendo parte do elenco vicecampeão da Libertadores do mesmo ano.

Fabinho teve seu contrato com o Cruzeiro rescindido no início de 2011. Logo depois assinou contrato com o Yokohama FC.

Em 04 de julho de 2011, assinou contrato com o Bahia, onde permanecerá até o fim do ano disputando a Série A.