Marquinhos começou sua carreira no juvenil do Corinthians com participações por todas seleções de base do Brasil. Durante o Campeonato Brasileiro de 2011 foi promovido pelo técnico Tite, participando do elenco pentacampeão em 2011.

Voltou ao juvenil para disputar a Copa São Paulo de Futebol Junior, onde foi um dos destaques da competição e ajudou o Timão a ser campeão. Depois da conquista, retornou ao time principal e participou do elenco campeão da Libertadores de 2012.

Com um futuro promissor e atuações sólidas pelo Corinthians e pelas Seleções de base do Brasil, o jovem zagueiro foi vendido para a Roma no início de 2013. Ao todo foram apenas 15 jogos pelos profissionais do Timão.

Comprado pelo clube italiano por apenas 8,2 milhões de reais, o jogador se adaptou rapidamente, se tornou um titular indiscutível e a revelação do campeonato. Apenas seis meses depois de chegar a Europa, o jogador foi vendido por incríveis 32 milhões de Euros para o Paris Saint-German. No gigante europeu, continuou as boas atuações, foi convocado pela Seleção Brasileira principal e se tornou um dos principais zagueiros do futebol europeu com apenas 20 anos.

A passagem de Marquinhos pelo Corinthians é marcada por um sentimento de frustração, primeiro pelo baixo valor que foi vendido quando comparado ao que vale hoje e pelas poucas partidas feitas pelo clube como profissional.