Cleber começou sua carreira nas categorias de base do Paulista, em 2009, e rodou por times de menor expressão até ser contratado pela Ponte Preta em 2012. Pelo time de Campinas, foi um dos destaques do Campeonato Paulista de 2013, mesmo torneio em que os campineiros foram eliminados pelo Corinthians, já na semifinal, por uma goleada de 4 a 0. Mostrando bom futebol, ainda com pouca idade, o zagueiro chamou atenção de várias grandes equipes do futebol brasileiro.

Com o apoio de empresários e após longas tratativas, o jogador desembarcou no Parque São Jorge. O Timão adquiriu 20% de seus direitos econômicos e firmou vínculo até dezembro de 2017. Com a saída do defensor Chicão, Cleber rapidamente conquistou seu espaço marcando, inclusive, um gol logo em sua estreia. Ao todo foram 31 partidas e três gols marcados com a camisa corintiana. Em agosto de 2014 foi vendido para o Hamburgo.