O jogador da base do Corinthians foi promovido ao time titular por Mano Menezes. Apesar disso, em 2015, estava prestes a disputar a Copa São Paulo de Futebol Jr, quando um imprevisto o reintegrou ao time principal.

O zagueiro Anderson Martins, titular da posição, teve de voltar para seu clube no Catar - o Al Jaish - que exerceu cláusula do contrato para ter o jogador de volta. Com isso, Pedro Henrique teve sua chance entre os profissionais do Corinthians e viajou com o time para a pré-temporada na Florida Cup.

Seu primeiro jogo oficial pelo time foi contra o Coritiba, no Campeonato Brasileiro de 2016. Isso sem contar suas participações na Florida Cup de 2015, contra o Colônia e o Strikers, na pré-temporada de 2016.

Em 2019, foi emprestado ao Athletico-PR. Depois de uma boa temporada por lá, retornou ao Corinthians, em 2020, a pedido do técnico Tiago Nunes. Logo após a paralisação por conta do coronavírus, o jogador foi negociado em definitivo com o Athletico-PR. Ele foi vendido por pouco mais de 1 milhão de euros - o Timão era dono de 60% dos direitos econômicos do atleta.

Pedro Henrique se despediu do clube que o formou em 20 de julho de 2020.