Revelado pelo São Paulo no final da década de 90, deixou o futebol brasileiro nos anos 2000 para jogar no Consadole Sappore do Japão. Passou 5 anos no futebol japonês marcando muitos gols e conquistando títulos. De lá se transferiu para o Qatar, onde defendeu o Al-Sadd.
No oriente médio foi considerado um dos melhores atacantes que já passaram por lá, se naturalizou e defendeu o país nas eliminatórias da Copa do Mundo de 2010. Após fazer fortuna no futebol árabe, pagou do seu próprio bolso sua multa rescisória e resolveu voltar ao futebol nacional.
Em 2009, chegou ao Flamengo onde se adptou rapidamente e ganhou o apelido de Sheik. Foi Campão Brasileiro daquele ano com o time carioca. Após uma volta rápida para o Oriente Medio jogando no Al Ain, se transferiu para o rival Fluminense no meio de 2010. Foi novamente campeão nacional e permaneceu no time até o inicio de 2011.Foi dispensado do elenco por cantar um funk do Flamengo no ônibus a caminho de uma decisão pela Libertadores.
Chegou ao Timão em maio de 2011, ajudando na conquista do Brasileirão e torna-se o primeiro jogador a conquistar o tricampeonato brasileiro em três anos seguidos por três clubes diferentes. Começou o início de 2012 com ótimas atuações e foi extremamente decisivo na conquista da Libertadores. No primeiro jogo das semifinais contra o Santos, fez um golaço na Vila Belmiro. Com um chute no ângulo garantiu a vitória por 1 a 0 fora de casa e ajudou o time a chegar à final da competição.
Na final da competição, o atacante brilhou mais uma vez, sendo decisivo nos dois jogos e ajudando o time a ser campeão. Na primeira partida, no estádio da Bombonera, Emerson deu o passe para o gol de empate de Romarinho nos minutos finais do segundo tempo. Na partida de volta, no Pacaembu, entrou para a história do clube marcando dois gols sobre o Boca Juniors.
O primeiro gol foi marcado no início da segunda etapa, após Emerson receber passe de calcanhar de Danilo. No meio do segundo tempo Emerson rouba a bola da zaga do Boca Juniors, vence o zagueiro e bate na saída do goleiro. Em dezembro, ajuda na conquista do bicampeonato Mundial da FIFA.
O ano de 2013 não foi tão bom para o atacante com a camisa corintiana. Com grandes polemicas fora do campo em episódios como a polemica do selinho e a denúncia do ministério público por contrabando de veículos, caiu de rendimento. Em campo perdeu espaço e figurou com frequência no banco de reservas. Com a chegada de Mano Menezes foi ainda menos aproveitado e acertou sua saída por empréstimo para o Botafogo.
Com a péssima campanha do time carioca e graves problemas da diretoria rescindiu seu contato de empréstimo em outubro. A volta de Tite ao Corinthians abriu as portas para o retorno do jogador, que se reapresentou no início de 2015 no Parque São Jorge. Contudo, seguiu para o Flamengo no mesmo ano.
No início de janeiro de 2018, o Corinthians anunciou o retorno de Sheik ao elenco profissional. O jogador assinou contrato por seis meses, até junho do mesmo ano, para se despedir do futebol atuando na equipe do Parque São Jorge. Após um bom início, o clube renovou até o final do ano.
Com o fim do Brasileirão, Emerson Sheik encerrou sua carreira de jogador de futebol. Ele se despediu do Corinthians e da torcida em uma participa amistosa na Arena, em Itaquera. Logo na sequência, o ex-jogador assumiu o posto de diretor de futebol do Corinthians, junto com Vilson. Ambos substituíram Alessandro Nunes, que estava no cargo desde 2014.