Nascido no Rio de Janeiro, Marcos Soares iniciou - e passou grande parte de - sua carreira no Distrito Federal. Dirigiu as equipes profissionais de Brasiliense, Brasília, Santa Maria, Ceilandense, e também o Anápolis, em Goiás.

Após fazer estágios na Europa, em clubes como Bayern de Munique, na Alemanha, e Atletico de Madrid e Barcelona, na Espanha, Soares voltou ao Brasil para dirigir a equipe Sub-20 do Santos, em 2017. O treinador chegou, inclusive, para substituir o antigo treinador santista, Pepinho Macia, que pouco depois acertou sua ida ao Corinthians para substituir Osmar Loss. Por problemas com à direção, no entanto, Pepinho ficou apenas um mês no Parque São Jorge.

Com Marcos Soares no comando, o Santos fez má campanha na Copa São Paulo de Futebol Júnior de 2017, sendo eliminado pelo Avaí na terceira fase da competição. A eliminação precoce fez com que a diretoria do clube da Baixada demitisse o treinador.

Após sua saída do Santos, Marcos Soares foi convidado para ser auxiliar técnico de Dyego Coelho no time Sub-20 do Corinthians. Com o convite aceito, Soares deu início ao trabalho e ficou apenas um mês no cargo, quando foi decidido que ele deveria ser o técnico do Sub-17 alvinegro, seu trabalho atual.